Gesellschaftszweck der GSbG ist die Analyse von Ineffizienzen im System der gesundheitlichen Versorgung mit dem Ziel einer kostenneutralen Leistungsverbesserung für die Patienten. Dazu erfolgt die gesundheitsökonomische Grundlagenforschung vorrangig für die Krankenhausfinanzierung sowie für die intersektorale Finanzierung und die Leistungsstrukturen wie die Krankenhausplanung oder die Integrierte Versorgung. Die Kalkulation von Kosten und die Bildung von Preisen sind Grundlagen für finanzielle Anreizmechanismen, um die Patientenkarrieren medizinisch sinnvoll zu steuern.
Die Umsetzung der Grundlagenforschung erfolgt in der wissenschaftlichen Politikberatung. Auftraggeber sind übergeordnete Institutionen wie das Bundesministerium für Gesundheit und das Bundesforschungsministerium, mehrere Bundesländer, Verbände der gesetzlichen Krankenversicherung auf Bundes- und Landesebene und Universitätsklinika. Schwerpunkte sind die Entwicklung einer wettbewerbsorientierten Krankenhaus- bzw. Versorgungsplanung, Krankenhausentgelte für die Bundespflegesatzverordnung und das Fallpauschalengesetz, sowie Komplexpauschalen, geriatrische Systeme, sowie Erfolgsbewertungen integrierter Versorgung.
In den Analysen der GSbG zeigen sich Unwirtschaftlichkeiten insbesondere in der Krankenhausversorgung. Überkapazitäten können in Gutachten für Krankenhausplanungen in den Bundesländern nachgewiesen werden. Aus der Aufnahme und dem Umgang mit solchen Ergebnissen sprechen Politikversagen und weitgehende politische Entscheidungsunfähigkeit. Gleichwohl bringt das G-DRG-System Dynamik in das Gesundheitswesen.
Aus gemeinsamen Strategiegesprächen mit den gesetzlichen Krankenversicherungen ergibt sich die Ergänzung des Gesellschaftszwecks der GSbG, nämlich die Entwicklung und konkrete Erprobung von Modellversuchen im Sinne innovativer Systemstrukturen (Leistungs- und Wirtschaftlichkeitsanreize) für das Gesundheitswesen. Insgesamt zählt wohl nur das reale Vorleben mit bewirkten Veränderungen.
Ab 2007 konzentriert sich die GSbG ausschließlich auf Projekte in eigener Trägerschaft.